目前，市面流通的越南黄花梨除了东京黄檀树种外，还发现另外一种黄檀属的木材(Dalbergia sp)，木材有辛辣香气，射线宽度1-2列，3列稀少，外观酷似东京黄檀，但射线宽度有别。这一种越南黄花梨与降香黄檀在射线宽度上容易区分。
由于黄花梨木材花纹美观，价格昂贵，一些商家为了获取高额利润，常用外观颜色相近、气干密度大致相近的木材来冒充，常见用来冒充黄花梨的木材主要有刺猬紫檀(Pterocarpus erinacens)、奥氏黄檀(Dalbergia oliveri)、螺穗木(Spirostachys africana)等。
东京黄檀和降香黄檀都是香枝木，新切面都散发着辛辣香气，均可俗称为黄花梨，但两者价格相差悬殊。两者无论从外观，还是从木材构造特征来讲，都有很多相似之处，必须仔细辨别，其主要差别如下：
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一、从气味上辨别，东京黄檀新切面具辛辣香气，辛辣气味柔和，辛辣中透着甘醇的清香，久则气味逐渐变淡；而降香黄檀新切面辛辣香气浓郁，略带刺鼻的气味，但气味很快变淡，微弱。但如果在木材上重新切面，浓浓的辛辣香气和略带刺鼻的气味又重新呈现。
东京黄檀横切面
二、从花纹和颜色看，东京黄檀颜色浅，色泽黄润，具咖啡色条纹，鬼脸花纹略少，油性感也略差；降香黄檀颜色深，红褐色至紫褐色，鬼脸花纹常见，油性足，家具易出包浆。
三、从管孔大小区分，东京黄檀管孔主为散孔材，有半环孔材趋势（图1）；而降香黄檀管孔变化较大，散孔材至半环孔材。
四、 从木射线区分，东京黄檀射线组织同形，有异Ⅲ型趋势，偶可见直立细胞，宽2-3细胞（3列较多）；降香黄檀射线组织同形单列（甚少）及多列，未见直立细胞；多列宽2-3细胞（2列较多）。
降香黄檀
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其他容易与黄花梨混淆的树种有：
螺穗木黄褐色至巧克力褐色，具深褐色条纹。木材具有檀香气味，国外商品材称African sandalo （非洲檀香木）。管孔小而不明显，管孔径向排列，管孔具黑褐色树胶；薄壁组织断续的切线状或星散—聚合状；木射线细，不具波痕，而有别于黄花梨。
奥氏黄檀商品材称为红酸枝，俗称花枝，木材黄红褐至深红褐色，具玫瑰色条纹。与黄花梨同为黄檀属的木材。两者的主要差别在于轴向薄壁组织和气味上的不同。奥氏黄檀轴向薄壁组织比黄花梨发达，主为傍管状，翼状、聚翼状、带状（宽1-8细胞），并常与射线组成交叉网状。奥氏黄檀新切面具有酸香气，而黄花梨新切面为辛辣香气。
刺猬紫檀木材来源于非洲，俗称非洲黄花梨。气干密度为0.85g/cm3。黄花梨与刺猬紫檀的差别是：前者木射线比后者宽，前者宽主为2-3列，后者为单列；前者木屑水浸液未见荧光，后者水浸液荧光明显；前者新切面具辛辣香气，后者香味不明显或间或有难闻的气味。